В Університеті впроваджується система менеджменту якості на вимоги міжнародного стандарту ISO 9001:2015 «Qualitу management systems Requiremets». ПВНЗ «ХММУ» пройшов сертифікацію та з жовтня 2021 року володіє міжнародним сертифікатом якості, який зареєстрований в реєстрі System of international certification (SIC).

Система менеджменту якості ПВНЗ «ХММУ» спрямована на реалізацію принципів управління якістю з метою підвищення рівня якості надання всіх видів освітніх послуг шляхом удосконалення управлінських, основних та допоміжних процесів. Система розроблена відповідно до вимог законодавства та нормативно-правових актів, що регламентують діяльність закладів освіти, документально оформлена, впроваджена, постійно підтримується та поліпшується.

В процесі впровадження системи менеджменту якості, Університет постійно виконує вимоги ISO 9001:2015, а саме: визначено процеси, необхідні для системи менеджменту якості, їх послідовність і взаємодія; визначено критерії та методи, необхідні для забезпечування результативності функціонування та контролювання процесів; забезпечена наявність ресурсів та інформації, необхідних для підтримання та функціонування процесів; здійснюється моніторинг і аналіз виконання процесів; проводяться заходи, необхідні для досягнення запланованих результатів і забезпечення поліпшення процесів.

Використовуючи методологію загального управління якістю (Total Quality Management), в ПВНЗ «ХММУ» передбачається участь усього колективу Університету у створенні освітніх послуг високої якості на всіх етапах її життєвого циклу. Ефективне управління якістю ґрунтується на вивченні та задоволенні потреб та очікувань споживачів, постійному вдосконаленні освітніх послуг і процесів, з яких складається діяльність Університету, яка спрямована на побудову власної унікальної системи менеджменту якості на основі стандартів ISO 9000.

24 грудня 2020 Приватний вищий навчальний заклад «Харківський міжнародний медичний університет» отримав Сертифікат про Міжнародну Інституціональну Акредитацію. Згідно з рішенням Акредитаційної Ради Незалежної Агенції Акредитації та Рейтингу (НААР) Приватний вищий навчальний заклад «Харківський міжнародний медичний університет» відповідає необхідним вимогам для акредитації.

НААР визнається Світовою Федерацією Медичної Освіти (WFME), зареєстрована у Європейському Реєстрі Гарантії Якості Вищої Освіти (EQAR) та є членом Європейської Асоціації Гарантії Якості Вищої Освіти (ENQA). Міжнародна акредитація НААР надає студентам можливість визнання диплому ПВНЗ «ХММУ» за кордоном для продовження навчання та працевлаштування.